1994年，医院在市人事局、市卫生局指导下，率先实行综合配套改革，改革，主要内容涉及到领导体制，深化用人制度，编制计划管理，工资制度，强化激励机制，职改开展新技术，新项目和开展特需服务等七大块改革。通过改革使医院取得了社会和经济效益双丰收。妇幼卫生、医疗事业得到更快发展，到1997年止，医院实行电脑化管理，一幢19800平方米现代化诊疗大楼竣工使用，医院建筑面积已达29338.37平方米，其中医疗用房9538.37平方米。医院固定总值已达20420530元，其中医疗仪器总值10776556元，职工总数已达249人，其中卫技人员288人，正高级1名，副高级6名，中级57名，初级244名。医院下设行政部、诊疗部、保健部、后勤部等四个部。各部下设职能科室。
1998年，党总支升格为党委，下设6个支部；团总支升格为团委，下设5个支部；开设儿科病区、儿外科成立；实行全员聘用制。