2000年，成立绍兴市新生儿救护中心、绍兴市高危筛查中心、月子中心、新生儿抚触中心、与新华医院联合成立绍兴妇儿诊治中心，开设皮肤科。
2002年，经省卫生厅批复同意，增挂绍兴市妇女儿童医院牌子，其中绍兴市妇幼保健院为第一名称，绍兴市妇女儿童医院为第二名称，原有妇女儿童保健功能不变。绍兴市妇儿健康检查中心和乳腺疾病筛查防治中心在我院成立。我院围产医学被确定为第二批市级重点学科创建科室，经省卫生厅批准，我院成为首批11家丈夫精液人工授精技术服务的医疗机构之一。
2004年，新门诊大楼启用，工程总建筑面积30920平方米，该工程主要功能分为：门（急）诊医疗区域、卫生信息中心区域和行政后勤、保健区域三个部分。绍兴市产前诊断中心在我院成立。我院通过爱婴医院复评。
2006年，我院顺利通过三级乙等妇幼保健院复评，被省卫生厅确定为三级乙等妇幼保健院。
2009年，我院成立绍兴市宫颈疾病诊治中心。同年，医院新开设我市妇幼保健机构中的首个中医病房。