医院自1990年成立综合档案室以来，一直致力于档案工作的标准化、规范化、现代化建设，档案管理成效日益显著，1998年以优异的成绩通过了省级评审，2007年以市直卫生系统最高分通过省级复查认定。近年来荣获2005年度市直档案工作先进集体、档案移交、文件抄送先进单位；2007、2010年度市直档案工作先进集体；2010年度全市数字档案室建设先进单位等。2011年更是以高分通过了全市数字档案室验收。
近年来，医院始终将数字档案建设工作作为医院的重点工作，逐渐实现四化。
一是实现管理规范化，医院将创建数字档案室列入医院工作计划的同时把档案信息化纳列入了“十二五”发展规划，并成立数字档案室建设工作领导小组，投入档案信息化经费10万余元。医院配有1名高级职称专职档案员，在32名兼职档案管理人员中，81%具有本科学历，70%具有中级以上职称。为了打造一支高素质的档案管理队伍，每年由综合档案室专职档案员不定期的对兼职档案员进行业务培训和技术指导。此外，医院陆续制定了数字档案室电子文件归档与管理办法、数字档案室安全保密、档案数据网上查询利用、档案数据管理维护、数字档案鉴定销毁、档案数据网络和信息设备维护使用、档案库房管理等制度，明确档案人员岗位责任制，并根据实际情况在执行过程中进行不断的修改、补充和完善。
二是实现设施一体化。在完善硬件设施方面，2011年医院新购置高配置的计算机和高性能的扫描仪各一台，至此医院综合档案室已拥有计算机3台，服务器、扫描仪、光盘刻录机、打印机、UPS电源以及数码照相、数码摄像机各1台，真正实现使用计算机管理档案，利用计算机检索、统计和对比分析，使档案的现代化管理初具规模。在强化软件设施方面，早在1998年综合档案室已开始使用目录版软件，2003年对软件进行升级，2011年购入单机版和网络原文版两套数字档案管理系统软件，并实现了档案管理系统与OA系统的衔接。
三是实现档案数字化。按照医院的档案分类方案，建立健全各类档案的电子目录数据库，共八类93966条记录。对医院保管期限为永久、长期(或30年)的文书档案、业务档案和科技档案，保管期限为永久的会计档案完成全文数字化，已扫描292卷4368件。同时对室藏所有传统照片全部进行了数字化处理，声频、视频档案数字化已全面、规范的完成，已扫描照片档案347张，视频档案5盒。
四是实现利用科学化。按照政府信息公开条例要求，医院在本单位互联网《绍兴市妇幼保健院/绍兴市妇女儿童医院》网站上公布相关文件，为广大妇女儿童提供利用服务。在院领导办公室和各职能科室安装网络版数字档案管理软件，开通档案自助查阅，实现信息共享，极大的方便了各部门查阅资料，实现档案利用价值的最大化。由于档案具有保密性，综合档案室内的单机版数字档案管理系统软件上可查阅所有数字档案，而网络版数字档案管理系统软件内的数字档案为经过严格删选后认为可公开的部分档案。同时医院根据实际情况设置查阅权限，院领导可查询网络版数字档案管理系统软件内的全部档案，而职能科室负责人仅能查询本科室或职能管理范围内的相关档案。