《方案》明确了卫生部学习实践科学发展观活动的指导思想、目标要求和主要原则。指导思想是全面贯彻党的十七大精神，高举中国特色社会主义伟大旗帜，以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，组织广大党员特别是部机关及直属单位领导班子和处级以上党员领导干部，认真学习实践科学发展观，准确把握科学发展观的科学内涵、精神实质和根本要求，紧紧围绕党员干部受教育、科学发展上水平、人民群众得实惠的根本要求，进一步解放思想、实事求是、改革创新，切实增强贯彻落实科学发展观的自觉性和坚定性，着力转变不适应、不符合科学发展观的思想观念，着力解决影响和制约卫生科学发展的突出问题，着力解决党员干部党性党风党纪方面群众反映强烈的突出问题，着力构建有利于卫生科学发展的体制机制，提高领导卫生科学发展、推动社会和谐的能力，把科学发展观贯彻落实到卫生工作的各个方面。卫生部开展学习实践科学发展观活动，要力求达到提高思想认识、解决突出问题、创新体制机制和促进科学发展的目标，深刻把握坚持解放思想、突出实践特色、贯彻群众路线和正面教育为主四项主要原则。
《方案》提出卫生部开展学习实践科学发展观活动要重点解决好5个方面的问题。一是着力解决卫生工作和卫生事业发展中存在的主要矛盾和群众反映强烈的突出问题，把握卫生发展规律，创新卫生发展理念，转变卫生发展方式，破解卫生发展难题，提高卫生发展质量；二是着力解决卫生事业为谁发展、发展成果由谁享有和如何保障享有的问题，牢固树立卫生发展是为人民健康服务的宗旨，坚持为人民健康服务的方向，一切医药卫生工作都必须围绕保障人民健康权益、维护社会公平正义来进行；三是着力解决城乡和区域医药卫生事业发展不平衡，公共卫生和农村、社区卫生比较薄弱，医疗保障制度不健全等问题，找准并提出消除制约卫生科学发展体制机制障碍的思路和政策措施；四是着力解决缺乏战略思维，全局意识不强，不能妥善处理局部利益与全局利益、当前利益与长远利益、个人利益与群众利益的关系问题，提高领导卫生科学发展的能力；五是着力解决党员意识不强，理想信念不坚定，宗旨意识淡薄，政绩观扭曲，作风漂浮以及形式主义、官僚主义等问题，切实转变领导作风，求真务实，执政为民。
《方案》明确了参加学习实践科学发展观活动的范围。参加学习实践活动的对象包括党的关系隶属于卫生部直属机关党委的部机关各司局和各直属单位的党组织和党员，重点是部党组、部机关各司局、各直属单位领导班子和处级以上党员领导干部。
《方案》对学习实践科学发展观活动的方法和步骤进行了安排。学习实践活动从
为确保学习实践活动的成效，《方案》还就切实加强组织领导提出了要求。一是实行领导责任制。成立卫生部深入学习实践科学发展观活动领导小组。部领导小组各成员建立联系点制度，深入基层研究指导工作。领导小组下设办公室负责日常工作。领导小组设立指导检查组，负责督促指导各单位学习实践活动的开展。二是开展分类指导。对离退休党员，可视其身体状况采取灵活多样的方式组织参加活动。对流动党员，原则上由流入地党组织负责，流出地党组织协助。对已经与单位解除工作关系的党员，如果组织关系还在原单位，原则上由原单位党组织负责。三是鼓励探索创新。围绕部党组制定的目标任务，鼓励各单位根据实际，大胆探索，创新学习实践的具体实践载体。积极探索有效活动形式，确保广大党员全员全程参加。充分发扬民主，尊重群众的首创精神，认真听取群众的意见和建议。四是营造良好氛围。充分运用报刊、广播、电视、图书、互联网等媒体，大力宣传科学发展观的科学内涵、精神实质和根本要求，宣传开展学习实践活动的重大意义，宣传党员和党员领导干部中的先进典型，宣传卫生部学习实践活动的部署、要求、做法、成效和经验。五是坚持统筹兼顾。把学习实践活动作为深化医药卫生体制改革、推动卫生科学发展的重要机遇和强大动力，与推动深化医药卫生体制改革紧密结合起来，与促进卫生事业科学发展结合起来，与做好当前的各项重点工作结合起来，统筹安排、精心组织，通过学习实践活动，促进本单位的各项工作。六是提供有效保障。部学习实践活动领导小组办公室从部机关和直属单位抽调部分党性强、作风好、有较高政策理论水平、熟悉党务和卫生工作的得力干部，充实工作力量。部机关安排专项经费，保证学习实践活动领导小组办公室的正常运转。各单位要为开展学习实践活动提供人员、经费和办公设施保障。